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关于seldi进行生物模式识别的可行性的问题的一些个人的想法

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作者 留言
上帝没有手
原子


注册时间: 2003-07-10
帖子: 13

帖子发表于: Wed Nov 12, 2003 12:48 pm聽 聽发表主题: 关于seldi进行生物模式识别的可行性的问题的一些个人的想法 引用并回复

这可能是我们“寝室”争论与分歧最大的“源头性”问题,也使我想起了程京报告回答问题时说的一句话,大意是关于怎样搭好架子的问题,其实我个人认为这是一件很重要的事情,因为只有搭好了架子,才能添砖加瓦,才能枝繁叶茂,才能做后续可能与可行的东西。

对于可行性,首先要肯定,无论是现在,还是将来,因为生物学发展到现在,单个分析研究是必要的,但也许已不是最好的或者说是最有效的研究方法,系统生物学应是今后发展的方向,当然系统生物学只是个名称,重要的是一种研究模式和研究的方法,系统化、网络模糊识别可能有效地解决当初生物学提出的最原始、最更本的问题。(关于系统生物学的一些好的PPT和好的资料,本人会尽快放到ftp上,希望能引起大家的兴趣)

但现在根据我们的现实情况,确实存在一些不可忽视的困难,
1.袁超说得关于一一对应的问题(袁超PPT中关于局限性的最后一个局限),其实是一个“源头性”问题,因为这直接关系到所得数据有效性,如果这都不能保证,那就只能埋头干“傻活”了(哈哈),虽然不能说一点意义没有,至少说是回报率太低,我始终相信能做的最好,才能笑道最后。

这其中包括两个小问题:一是我们的MALDI-tof的激光源是聚焦式的,而不是扫描氏的,个人认为,扫描氏的更适合seldi生物模式识别。举个简单的例子来说吧,身份证复印件大多数时候是有效的,而用笔画出来的像,往往是得不到承认的,至少以后越来越不可能。第二个小问题是我们的TARGET,其实我认为SELDI的TARGET不仅仅起到亲和的作用,而且起到浓缩的作用,从而以期从另一层面达到提高COVERAGE的作用,其实这两个问题是互补的。

2.后面的软件编写也是一个很重要的方面,这涉及到生物信息学的各个“最先进”的触角,难度不小。

对于以上的两个问题,我个人认为,第一个更为本质与重要,第二个问题相对滞后,而且,举世公认中国的数学家(当然也包括国外的有中国血统的人)是最多的,应该可以解决这个问题,同时也可以突破国人普遍认为的纯理论数学无用武之地的怪圈。

关于第一个问题,本人认为可行的解决方法应从TARGET着手,因为受到本组激光源原理的限制,当然也可以手动调,但本人的经验告之,应谨慎,因为不但很难调节,而且,也会影响MALDI-TOF的正常PMF检测的使用,相信不会有拆东墙补西墙之理。而TARGET却可以“随心所欲”,据我所知,国外和国内都在这个方面有长足的进步,不妨可以合作借鉴。国外:上次丁做的HPO感受的报告中已有此报道,国内的靳文海的老板在做,据说结果不错,如若属实,确实可以合作,因为我们的材料化学及加工工艺确实短时间内难以得到很大提高。

以上纯属一家直言,如有措辞不妥之处,敬谅。
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